Die Stiftung führt den Namen Dr. Wunderle-Auer-Stiftung. Sie ist eine nichtrechtsfähige Stiftung in der Verwaltung der Katholischen Bruderhausstiftung, rechtsfähige örtliche Stiftung des öffentlichen Rechts mit dem Sitz in Regensburg.
Die Dr. Wunderle-Auer-Stiftung wird im Rechts- und Geschäftsverkehr durch die Katholische Bruderhausstiftung vertreten.